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卡爾回家辦完父親的喪事後，遵父親的遺囑，不要影響學業，很快回到柏林大學。他含着淚花又一次端詳着帶在身邊的父親那張老式銀版照片……心裡有什麼事，再也沒有向父親討教的機會了，物質生活上開始惡化。母親獨自肩負起七個子女的重擔。這時小弟弟愛德華又死於肺病。
父親一死，卡爾完全放棄了法學，專門從事了哲學研究。母親不能理解，卡爾為什麼這樣傾心于「對生計毫無益處」的哲學研究活動？燕妮卻如此支持他？加上母親對卡爾找上燕妮這個未婚媳婦總有「被貴人家瞧不起之嫌」，母親對卡爾更加淡漠了。
卡爾先想到通過在波恩大學任教的朋友鮑威爾的幫助獲得一個職業，可以同燕妮結婚，並擺脫不和睦的家庭關係。可由於朋友的激進，鮑威爾越來越在大學裡受到反動政府的攻擊，自己的地位也很不穩固了。
直到
1841年初，卡爾和家庭發生重大爭執的情況下，母親拒絶今後給他物質上的幫助，卡爾才不得不匆匆結束了學業，並把自己的哲學著作作為一篇《博士論文》，于
4月
4日匆匆寄往耶魯大學。
《博士論文——德謨克利特的自然哲學和伊壁鳩魯的自然哲學的差別》採用浪漫主義的寫作方法，並且按照黑格爾的邏輯意識，着重考察了精神和世界的關係問題，以獨特的思維和敢於向「天體」挑戰的氣概反映出自己崇尚自由和無神論的思想。
《博士論文》的第一部分闡述了研究古希臘哲學、尤其是伊壁鳩魯哲學的基本目的，以及論述各個時期的一些著名的思想家對伊壁鳩魯哲學的看法，進而說明了伊壁鳩魯哲學和德謨克利特哲學的一致性。論文第二部分主要闡述伊壁鳩魯的原子論學說，指出它與德謨克利特哲學的區別在於：原子的偏斜；原子的質量性；原子作為本原及其可分性；原子世界的時間性和過程性等等。伊壁鳩魯還用原子學說解釋了天體現象，卡爾在附錄中進一步闡述出伊壁鳩魯哲學的無神論性質。
耶魯大學哲學系主任已赫教授看完這篇論文後，感到十分滿意。他在
4月
13日就把這篇論文轉給了評審委員會，並附有這樣的評語：「謹向諸位推薦特利爾的卡爾·亨利希·馬克思先生這位極有資格的候選人。……該博士論文證明該候選人才智高超，見解透徹，學識淵博，本人認為該候選人實應授予學銜。」
申請者的優點如此明顯，因此大學就沒有對卡爾再進行考試了，于
1841年
4月
15日就授予卡爾哲學博士學位。
免除了考試，破格得到了哲學博士學位，卡爾高興得說不出話來。
他拿出父親的照片，讓父親「躺」在他的博士學位證書上，默默地告慰父親……豐富的知識和長久的思考，使卡爾對世界有了新的更清晰、更準確的認識，他有了博士學位證書，更牢固了他大膽的信念，對未來充滿了信心。卡爾仍像童年時代一樣，把普羅米修斯尊奉為爭取自由的偉大英雄。
23歲的卡爾帶著《博士論文》和博士學位證書，滿懷信心，昂首闊步地回到了特利爾城。現在他應有充足的理由提出與燕妮結婚了，並能夠向等待着的燕妮表明，他真的像父親在一封信裡勸告他的那樣，已經成了一個「值得世界尊敬，並且知道如何贏得世界尊敬的人」。
1841年
4月中旬，卡爾結束了大學生活，開始走向社會。
回到特利爾，卡爾，他已不再是空着手踏進未婚妻的家裡了，而是帶著上面題有獻給未婚妻父親的題詞的《博士論文》的一份厚禮來的——卡爾在《博士論文》上恭恭敬敬地寫着：獻 給敬愛的父親般的朋友政府的樞密顧問官特利爾的路德維希·馮·威斯特華倫先生藉以表達子弟的崇敬之意卡爾還在《博士論文》的獻詞中寫道：希望一切懷疑理念的人能夠像我一樣幸運地讚揚一個富於青年力量的老年人，這位老年人以對於真理的熱情和嚴肅態度來歡迎時代的每一種進步；他並且充滿了令人深信的、光明燦爛的理想主義，這種理想主義只知道能激發起世界上一切心靈的真理；他從來不為倒退着的幽靈所拖曳着的陰影所嚇退，從來不被現代的烏雲密佈的昏天暗地所驚倒，相反的，他永遠以神靈般的精力和剛毅堅定的眼光通過一切風雲變幻而透視那在世人的心中燃燒着的化日天光。您，我的父親般的朋友，您永遠是我的活生生的證據，顯明地證明着，理想主義不是幻想，而是一種真理。
卡爾把《博士論文》親自送到燕妮父親的手裡。
顧問官對眼下這位年輕的博士投以稱讚的目光，這目光絲毫沒有了當年「老鼠叼走牙齒」的嬉戲，也不失「貓與老鼠」之說的那份敬重，然而，這位自幼影響卡爾並一直被卡爾熱愛尊敬的具有資產階級民主思想和豐富學識的人也無法去擺脫家庭世俗觀念，顧問官對卡爾的哲學博士學位的前景也深感茫然和擔憂。
燕妮與卡爾已訂婚整整
5年，當卡爾獲取博士學位證書時，雙方家庭還仍然反對，都藉故卡爾沒有「自立」，再次推遲婚期。雙方家庭的一些成員還以為這樣就能破壞這對青年人的最終結合。
面對雙方家庭這種壓抑的氛圍，卡爾不再同母親住一塊了，他到特利爾找個地方落了腳。
1841年
7月，卡爾來到波恩，探望在波恩大學任教的布魯諾·鮑威爾，希望能夠在波恩大學找到一份工作，當一名哲學教授。
然而，他親自看到的是，自己的朋友都是青年黑格爾派，朋友的命運都暗淡起來，反動政府對他們一一逐出大學講壇和編輯部。
卡爾只得由鮑威爾幾位處境岌岌可危的朋友來資助，在波恩籌辦《德意志年鑒》等一些激進刊物而勉強度日。
