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秦始皇到達平原津時生了病。始皇討厭說「死」這個字，群臣沒有敢說死的事情。皇帝病得更厲害了，就寫了一封蓋上御印的信給公子扶蘇說：「回咸陽來參加喪事，在咸陽安葬。」信已封好了，存放在中東府令趙高兼掌印璽事務的辦公處，沒有交給使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台逝世。丞相李斯認為皇帝在外地逝世，恐怕皇子們和各地乘機製造變故，就對此事嚴守秘密，不發佈喪事消息。棺材放置在既密閉又能通風的轀（ｗ□ｎ，溫）涼車中，讓過去受始皇寵幸的宦官做陪乘，每走到適當的地方，就獻上飯食，百官象平常一樣向皇上奏事。宦官就在轀涼車中降詔批簽。只有胡亥、趙高和五六個曾受寵幸的宦官知道皇上死了。趙高過去曾經教胡亥寫字和獄律法令等事，胡亥私下裡很喜歡他。趙高與公子胡亥、丞相李斯秘密商量拆開始皇賜給公子扶蘇的那封已封好的信。謊稱李斯在沙丘接受了始皇遺詔，立皇子胡亥為太子。又寫了一封信給公子扶蘇、蒙恬，列舉他們的罪狀，賜命他們自殺。這些事都記載在《李斯列傳》中，繼續往前走，從井陘到達九原。正趕上是暑天，皇上的屍體在轀涼車中發出了臭味，就下令隨從官員讓他們往車裡裝一石有腥臭氣的醃魚，讓人們分不清屍臭和魚臭。
一路行進，從直道回到咸陽，發佈治喪的公告。皇太子繼承皇位，就是二世皇帝。九月，把始皇安葬在酈山。始皇當初剛剛登位，就挖通治理了酈山，到統一天下後，從全國各地送來七十多萬徒役，鑿地三重泉水那麼深，灌注銅水，填塞縫隙，把外棺放進去，又修造宮觀，設置百官位次，把珍奇器物、珍寶怪石等搬了進去，放得滿滿的。命令工匠製造由機關操縱的弓箭，如有人挖墓一走近就能射死他。用水銀做成百川江河大海，用機器遞相灌注輸送，頂壁裝有天文圖像，下面置有地理圖形。用娃娃魚的油脂做成火炬，估計很久不會熄滅。二世說：「先帝后宮妃嬪沒有子女的，放她們出去不合適。」就命令這些人全部殉葬，殉葬的人很多。下葬完畢，有人說是工匠製造了機械，墓中所藏寶物他們都知道，寶物多而貴重，這就難免會洩露出去。隆重的喪禮完畢，寶物都已藏好，就封閉了墓道的中間一道門，又把墓地最外面的一道門放下來，工匠們全部被封閉在裡邊，沒有一個再出來的。墓上栽種草木，從外邊看上去好像一座山。
二世皇帝元年（前
209），二世二十一歲，趙高擔任郎中令，執掌朝廷大權。二世下詔，增加始皇祠廟裡用來祭祀的牲畜數量，增加山川各種祭祀的禮儀。命令大臣們討論推尊始皇廟號的事。大臣們都叩頭說：「古時候天子的祖廟為七廟，祭祀七代祖宗，諸侯五廟，大夫三廟，如今始皇廟是至高無上的，即使是萬世以後也不能毀除，天下人都要貢獻祭品賦稅，增加祭祀用的牲畜，禮儀完全具備，不能有比這個再高的。先王廟有的在西雍，有的在咸陽。天子按禮儀應當單獨捧著經多次釀製而且質醇的酎（ｚｈｏu，紂）酒祭祀始皇廟。從襄公以下的廟都毀除。所建共七廟。大臣們都依禮進獻祭祀，推尊始皇廟為皇帝始祖廟。皇帝仍自稱為『朕』。」
二世跟趙高商議說：「我年紀輕，剛登位，百姓還不順從。先帝巡視各郡縣，以顯示他的強有力，威勢震服海內。現在我安然住在皇宮不出巡遊，就讓人看著我無能，沒有辦法統治天下。」春天，二世東行巡視郡縣，李斯跟隨著。到達碣石山，沿海南行到達會稽，在始皇所立的石碑上都刻上字，碑石旁都增刻上隨從的大臣的名字，以使先帝的功業盛德更加明顯。
皇帝說：「金石碑刻全是始皇帝建造的。現在我承襲了皇帝名號，可是金石碑刻上不稱始皇帝，以後年代久遠了，就好像是後代子孫建造的，以致不能稱揚始皇帝的功業和盛德。」丞相臣李斯、臣馮去疾、御史大夫臣德冒死罪進言說：「我們請求把詔書全刻在石碑上，這樣就明白了。為臣冒死罪請求。」制書批復說：「可以。」
接著到了遼東，然後返回。
這時候秦二世就按照趙高的建議，申明法令。他暗中與趙高謀劃說：「大臣們都不服從，官吏還很有力，還有各位皇子一定要跟我爭權，對這些我該怎麼辦呢？」趙高說：「這些話我本來就想說卻沒敢說。先帝在位時的大臣，都是接連多少代有名望的貴人，建功立業，世代相傳，已經很久了。如今為臣趙高生來卑賤，幸蒙陛下抬舉，讓我身居高位，管理宮廷事務。大臣們並不滿意，只在表面上服從，實際上心裡不服。現在皇上出巡，何不借此機會查辦郡縣守尉中的有罪者，把他們殺掉，這樣，在上可以使皇上的威嚴震天下，在下可以除掉皇上一向所不滿意的人。現時不能師法文治而應取決於武力，希望陛下能順應時勢，切勿猶豫，那麼大臣們就來不及謀算了。英明的君主收集舉用那些被棄不用的人。讓卑賤的顯貴起來，讓貧窮的富裕起來，讓疏遠的變得親近，這樣就能上下團結國家安定了。」二世說：「好！」於是就誅殺大臣和皇子們，製造罪名連帶拘捕近侍小臣中郎、外郎、散郎，沒有一個得以免罪，六個皇子被殺死在杜縣。皇子將閭兄弟三人被囚禁在內宮，議定他們的罪狀。秦二世派使者命令將閭說：「你們不盡臣道，當外死罪，官吏依法行刑來了。」將閭說：「宮廷的禮節，我從來不敢不聽從掌管司儀的賓贊；朝廷的位次，我從來不敢有失禮節；奉命對答，我從來不敢說錯話。怎麼能說不盡臣道呢？希望能知道罪名再死。」使者說：「我不能參與謀議，只是奉命行事。」將閭仰天大聲呼喊，呼喊了幾次說：「天啊！我沒有罪！」兄弟三人都流著眼淚拔劍自殺了。皇族為之震驚恐慌。大臣們進諫的被認為是誹謗，大官們為保住祿位而屈從討好，百姓震驚恐懼。
四月，二世返回到咸陽，說：「先帝因為咸陽朝廷小，所以營建阿房宮，室堂還沒有建成，趕上始皇去世，只得讓修建的人停下來，調到酈山去修墓。酈山修墓的工作已全部完畢，現在放下阿房宮而不把它建成，就是表明先帝辦事有失誤。」又開始修建阿房宮。對外安撫四方的外族，遵循始皇的策略，徵召了五萬身強力壯的兵丁守衛咸陽。下令教習射箭，還要飼養供宮廷玩賞的狗馬禽獸，兵丁狗馬禽獸所需糧食很多，估計咸陽倉裡的糧食不夠用，就從下面各郡縣徵調運來糧食和飼料，讓轉運人員都自帶乾糧，咸陽四百里之內不准吃這些糧食。施法更加嚴酷。
七月，戌卒陳勝等在原生楚國之地造反，國號為「張楚」取張大楚國之意。陳勝自立為楚王，住在陳縣，派遣將領們奪取土地。崤山函谷關以東的山東各郡縣，年輕人因為受盡秦朝官吏之苦，都殺掉了他們的郡守、郡尉、縣令、縣丞，起來造反，以響應陳勝，並在各地相繼擁立侯王，取合起來向西進攻，旗號都是討伐秦朝，人數多得數也數不清。掌管傳達通報的謁者出使山東回來，把山東造反的情況報告了二世。二世很生氣，就把謁者下交給主管官吏去處理。後邊的使者回來，皇上問他，他回答說：「那不過是一群盜匪，郡守、郡尉正在追捕，現在全部抓獲了，不值得擔心。」皇上高興了。武臣自立為趙王，魏咎為魏王，田儋（ｄ□ｍ，擔）為齊王，沛公在沛縣起義。項梁在會稽郡起兵。
二年（前
208）冬天，陳勝派遣的周章等將領向西到達戲水，兵力有幾十萬。二世大為吃驚，跟群臣商議說：「怎麼辦？」少府章邯說：「盜匪已經來了，人數多勢力強，現在征發附近各縣的軍隊是來不及了。酈山徒役很多，請赦免他們，授予他們兵器去迎擊起義軍。」於是二世大赦天下，派章邯領兵為將，打敗了周章的軍隊，周章敗逃，被殺死在曹陽。二世又增派長史司馬欣、董翳（ｙi，義）去幫助章邯攻打起義軍，在城父殺死了陳勝，在定陶打敗了項梁，在臨濟殺死了魏咎。楚地起義軍的名將已經被殺死，章邯就向北渡過黃河，到鉅鹿攻打趙王趙歇等人。
