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亨利三世在位期間始終保持了任免教皇的權限，並且適宜地運用這個權限使之有利於革新。廢黜格雷高裡六世之後，他任命了一個日耳曼籍主教，班伯格的蘇得格爾；羅馬人放棄了他們一向要求但卻几乎從來也不善於行使的選舉權。新教皇于翌年逝世。皇帝指名推薦的另一名，據說由於毒害也旋即死去。於是亨利三世選立了他的一名親戚，土魯人布魯諾，號稱列奧九世（
1049—
1054）。列奧是個熱誠的革新家，他經常到處旅行並主持了許多次宗教會議；他企圖擊退盤據在意大利南部的諾曼人，但結果並未成功。希爾得布蘭得是他的朋友，並几乎也可以稱為是他的學生。他死後皇帝于公元
1055年委派了另一位教皇，愛赫史塔人革布哈爾德，號稱維克多二世。然而皇帝于翌年死去，又過了一年這位教皇也死去了。從這時期皇帝和教皇關係已變得不似以前那樣和睦了。通過亨利三世的支援教皇于獲得了道德威信之後，首先要求獨立於皇帝，繼而便要求優越于皇帝。於是開始了歷時達二百餘年，最後以皇帝的敗北為結局的大紛爭。所以從長遠的見地來看，亨利三世革新教皇制的政策可能還是缺乏了預見性。
下一代皇帝亨利四世統治了五十年（
1056—
1106年）。起初他還未成年，由母后阿格尼斯攝政。司提反九世作了一年教皇，他死後紅衣主教們選出了一位教皇；當時羅馬人重申他們早已放棄的選舉權，選出了另一位教皇。太后支援了紅衣主教們，他們選立了一位教皇號稱尼古拉二世。雖然他的統治只有三年，但這一時期卻極其重要。他和諾曼人媾和，從而減輕了教廷對皇帝的依賴，在他掌教期間，教皇的選出是由一項教令來決定的，按照這項教令選舉首先由羅馬市郊六個紅衣主教管區的紅衣主教們進行，然後再經由其他主教，並最後通過羅馬城中的僧侶及市民。據人推測，僧侶及市民的參與，只是形式而已。實際上教皇的選舉者只是羅馬市郊的六個紅衣主教。如果可能，選舉必須在羅馬舉行；但如遇有困難或不適宜在羅馬舉行的情況時，也可以在其他地方舉行。
在整個選舉過程中皇帝是沒有份的。這項教令經歷了一場鬥爭之後才獲得人們的承認，它是使教皇制脫離俗界控制的一個必要的步驟。
尼古拉二世嚴格執行了一項教令，確定今後凡經由聖職買賣而獲得的聖職一概無效。但該項教令並不追及既往，因為這樣作就勢必牽扯到大多數在職祭司的任職問題。
尼古拉二世任期內，米蘭開始了一場有趣的鬥爭。該地的大主教追隨安布洛斯的傳統對教皇要求了一定程度的獨立自主。他和他的僧侶聯合了貴族階級，堅決反對革新。商人和下層社會，與此相反，希冀着僧侶的虔誠；這時發生了支持僧侶獨身運動的一些暴動和一次名叫帕塔林，反對大主教及其支持者的強大革新運動。為了支援革新教皇于公元
1059年把赫赫有名的聖彼得‧達米安作為自己的代表派往米蘭。
達米安是《‧論‧神‧的‧全‧能》一書的作者，該書主張說上帝能作出與矛盾律相反的事物，並能撤消過去（這種見解曾受到聖托馬斯駁斥，並自此不再屬於正統教義）。他反對辯證法，並把哲學說成神學的侍婢。有如我們所知，他是羅穆阿勒德隱士的信徒，素來厭煩處理事務性的工作，然而他的聖潔，卻是教廷可貴的財寶，致使教廷不遺餘力地爭取他協助革新運動，而他也終於聽從了教皇的勸說。公元
1059年他在米蘭的僧侶集會上作了一次反對聖職買賣的演講。起初聽眾們激怒得幾將危害他的生命，但他的雄辯終於感動了他們，使他們一個個慟哭流涕地認了罪。而且還約定自此效忠於羅馬。在下一位教皇的任期內，皇帝與教皇關於米蘭教座發生了一次爭端，在這次爭端中，教皇由於獲得了帕塔林派的支援，取得了最後的勝利。
公元
1061年尼古拉二世死去時，亨利已經成年了。他和紅衣主教間發生了一場有關教皇繼承問題的爭執。皇帝從未承認有關教皇選舉的教令，同時也不准備放棄他在選舉教皇事宜中的權利。這場爭執持續了三年之久，但最後還是以紅衣主教們的選擇成為定局。皇帝與教廷之間並未進行決定性的實力較量。形勢之所以一變，主要是由於紅衣主教們選出的這位教皇的卓越的品德。他是一位既有德行又有經驗的人，除此之外還曾受業于朗弗蘭，亦即以後的坎特伯雷的大主教）。公元
1073年這位教皇，亞歷山大二世死去了，繼他選出的是希爾得布蘭得（格雷高裡七世）。
