與此同時，他還於二月十三日下了一道《罪己詔》，對當時人民遭受戰爭之苦、負擔沉重的「無義之征」，主動承擔責任，檢討罪過；另一方面，表示要「痛加懲艾，深省夙愆」，「一切不便於民，盡行革去，與天下更始」，對於起義軍內部成員，「准以赦罪立功」，令義軍內部的「脅從之流」趕快從義軍中脫離出來，歸順朝廷。
崇禎的這道《罪己詔》，籠統說來，不能說沒有積極意義，只可惜它頒佈的時間是在起義軍即將推翻北京之明朝中央政府的前夕，起義軍內部的將領，並沒受感動；而且當時起義軍深得民心，人民群眾已走上同大明決裂的道路，所以，這道《罪己詔》收效甚微。
李自成攻到了寧武關時，受到了極大的阻礙。
明朝三關總兵周遇吉，為人剛正，韜略過人，他一聽說李自成攻克忻州之後，便做好死守寧武關的準備。
他一方面令軍土加固城牆，深挖壕溝，磙木雷石，一起搬到城上；另一方面又令文吏張貼告示，鼓動士兵鬥志，動員百姓幫助守軍固守城池，與李自成對抗，最後，又派人向朝廷飛報，請求支援。
周遇吉早有防備，準備停當時，專待李自成大軍來攻，李自成一來，果然阻滯不能向前。
交戰十餘日，周遇吉每戰必勝，義軍死者萬餘人。幾日後，周遇吉城內糧草斷絶，援兵不至。無可奈何之下，退守寧武，起義軍跟蹤而至。
是夜，周遇吉集合壯士二百人，肅然說道：「敵人圍困，如果持久，寧武也必不能守，今夜諸位隨我偷偷出城，殺退敵人，以待援兵來救。望諸位壯士死力而戰！」
眾壯士轟然答道：「謹遵將軍之命！」
於是，眾人飽餐一頓，悄悄從城上縋下，周遇吉一馬當先，斷喝一聲，首先殺入起義軍營內，眾兵士隨後，快刀利劍，猛劈猛砍。起義軍沒有防備，突見天降神兵，頓時大亂。李自成急忙傳令後退。大軍一退二十里才紮住營寨。
周遇吉不敢戀戰，殺退敵軍二十里後，忙傳令回城。他本想夜襲李自成，敵兵退去，情況略有好轉後，專待援軍來救，可是這一等，竟然等了半個月。城中糧草又已告罄，起義軍每日攻得又急，真把周遇吉難為壞了！
三月一日，霜雨紛飛，寒風刺骨，李自成親自督戰，命死力攻城，戰役從早晨一直激烈地進行到日暮，死人無數，血水混着雨水，流了遍野。眼看城中彈葯弓矢快要完了，周遇吉知道今日城池必破，便命將士準備肉搏，說道：
「將軍斷頭，勇士捐軀，就在此時！」
果然，傍晚時分，起義軍用大炮轟塌一段城牆，蜂湧而入。周遇吉大叫道：
「將士們，今天我們就要與敵人拚命了！我與諸位同受朝廷皇恩，今日正是為朝廷效命的日了。寧作斷頭將軍，戰死沙場，不能辜負國恩；臨敵畏縮，弟兄們，隨我殺賊！」
一語未了，人已踩着泥漿衝了出去，眾將士緊跟着吶喊而出，與李自成軍展開激烈的近戰。
周遇吉抱著必死之心，殺入敵群，左衝右突，砍死幾名起義軍，其他人見他勇猛，便一齊向他撲來，他力敵數人，身上中了一刀，但他強忍疼痛，毫不退怯。
半個時辰後，周遇吉的將士死傷慘重，剩下不多了。他本人也已經受了兩處刀傷和三處劍傷，血水混着雨水，流了滿頭滿身。由於失血過多，他臉色蒼白得十分可怕，只有一雙眼睛血紅血紅，他已感到自己快要支持不住了，他一面砍殺，一面瞪大眼睛尋找，他在尋找李自成！
就在這時，一支流矢飛來，正中胸口，他大叫一聲，一把拔出。忽然，一員義軍將領奮力殺來，周遇吉抹了一把臉上的雨和血，強打精神，只見來人身高膀闊，臉如黑炭，眼睛也瞪得溜圓，眼球被鮮血映得通紅。
他一眼看見周遇吉，便知這是明軍主將，大吼一聲：「宗敏來也！」直奔周遇吉。周遇吉此時已精疲力盡，雖然拚命抵抗，又哪裡是劉宗敏的對手？只五六回合，便被劉宗敏擒獲。
主帥被擒，餘下的將士更不堪一擊，過了半個時辰，戰鬥便結束了。
周遇吉被劉宗敏抓住，破口大罵，劉宗敏本欲帶他去見李自成，一時被罵得性起，舉刀便砍，周遇吉一條膀子被砍了下來，頓時鮮血噴湧，卻大聲笑道：
「痛快！痛快！」
劉宗敏及周圍眾將見狀，無不駭然。劉宗敏愣了片刻，叫道：「好漢子！我成全了你吧！」再次舉刀，砍死了周遇吉。
寧武關就這樣失守了。這次戰役是李自成進軍途中最激烈的一次，死人也最多，此後，李自成徑直打到北京，再未受到過大的阻攔。
寧武關危難之時，崇禎也接到過周遇吉的飛報，但他此時既無錢，又無兵，拿什麼去救援他？周遇吉死守二十多天，崇禎倒有點沾沾自喜，心想這李自成原來不是什麼洪水猛獸，還是可以抵擋的嘛！
二月二十日，崇禎派高起潛、杜勛、王德化等十人前往京南十關監軍力戰。兵部尚書楊縉彥極力勸阻，激烈上書道：
「內臣十員監軍，不惟空耗物力，且事權分散，使督撫將軍難以指揮，懇請撤回！」
但崇禎不同意，他相信監軍的力量，認為他們可靠！
李自成大軍三月初擒殺周遇吉後，明軍戰勢急轉直下。劉芳亮率領的另一路義軍由河南向北進軍直隷，攻克了彰德、大名、正定，與李自成大軍對北京形成夾擊之勢！
數十萬大軍的鐵蹄戰鼓使京畿大地簌簌顫抖！
與此同時，北京的崇禎皇帝，卻依然在苦心發動討論南遷與戰守問題。他再次授意李明睿與左都禦使李邦華動議南遷。
