現在，皇帝和康在大膽的變法計劃中加速前進，光緒因為害怕皇太后，不敢委任康進入非常重要的軍機處，但他把康的助手安排在幾個關鍵的職位上：
7月
3日，授予梁啟超六品官銜，負責翻譯局的工作；
9月
5日，授予楊鋭、劉光
第、林旭和譚嗣同四個改革派人士四品官銜，任命他們為軍機處章 京。林和譚兩人是康的學生。這四個章京成了皇帝和康之間的聯繫紐帶；他們實際上是改革執行者
草擬所有重要的法令、閲讀所有與改革有關的奏摺，而對變法冷漠的軍機大臣就被閒置了。
新政的精神表現在
1898年
9月
12日的法令中，這些觀點前所未聞，而且開明，即中外政府的基本原則一致，變法只是實施那些在西方已被證明是正確、有效和有用的方法原則：
國家振興庶正，兼采西法,誠以為民立政，中西所同，而西人考究較勤，故可補我所未及。今士大夫昧于域外之觀者，幾若彼中全無調教，不知西國政治之學，千端萬緒，主于為民開其智慧，裕其家身，其精乃能美人性質，延人壽命。
26從
6月
11日到
9月
20日的
103天中，教育、行政管理、工業和國際文化交流領域的約
40到
55項變法法令很快地陸續頒發：壹、教育：
1．廢八股改試策論(
1898年
6月
23日)。
2．設立京師大學堂(
6月
11日，
8月
9日)。
3．各省設立新式學堂，致力於中學和西學的研究。各省會的書 院改為學院，府州縣學改為中學堂，鄉學改為小學堂(
7月
10日)。
4．設立編譯學堂(
8月
6日)。
5．創辦京師大學堂附屬醫學堂(
9月
8日)。
6．出版官辦報紙(
7月
26日)。
7．舉行政治經濟特科考試(
7月
13日)。貳、行政管理：
1．裁撤冗員和不必要的機構，包括： a．詹事府、通政司、光祿寺、鴻膻寺、太常寺、太仆寺、大理寺。b．湖北、廣東和雲南巡撫。c．東河河道總督，漕運屯衛和鹽運使(
8月
30日)。
2．任用政府中的進步人士(
9月
5日)。
3．滌蕩拖延陋習，並且刪改舊例，另定新則，提高行政效率(
6月
26日)。
4．士民上書言事，不許稍有阻隔(
9月
11日)。
5．允許滿人經營四民之業(
9月
14日)。叄、工業：
1．建設鐵路(
6月
25日)。
2．發展農工商(
6月
20日)。
3．獎勵發明(
7月
5日)。
4．美化京師(
9月
5日)。肆、其它：
1．高級官員遊歷外國(
6月
12日)。
2．保護傳教士(
6月
12日)。
3．改進和簡化法規(
7月
29日)。
4．籌備預算(
9月
16日)。
雖然光緒皇帝和康有為全力推行改革計劃，但卻受到大多數中央和省級高級官員的抵制。廢除八股文遭到了負責科舉考試的禮部的強烈反對，即使是較開明的總理衙門對十二個新局的提案也感到不快。至于省級機構，除湖南巡撫陳寶箴外，都漠視或者延誤改革法令。這些中央和地方的官員敢於挑戰或藐視皇帝的命令，是由於他們完全清楚，真正的國家權力不在皇帝手中，而在不讚成改革的皇太后的手裡。
5.皇太后與政變
雖然自
1889年慈禧太后就退居頤和園，但她還是緊緊地掌握著政府權力。她對最高權力十分敏感，不能忍受削弱其最高地位的任何變革，不論是保守的還是急進的。
任何影響儒家道德規範概念的政治和社會體制激進變革，特別是影響慈禧太后地位和權威所依賴的孝親概念，都是威脅。因此，她對焚燒祖宗牌位、魯莽的行動和倣傚日本
最後一個太羞辱人了
提出警告。
27翁同龢或張之洞所提倡的保守性改革更適合她的胃口，他們的「中學為體，西學為用」的口號對她有吸引力，迎合她的心理狀態。據說，在「百日維新」開始的時候，她告訴皇帝：「只要你保留祖宗牌位，不燒掉他們，只要你不剪掉辮子，我就不會干預。」
28簡而言之，她接受一種不推翻基本制度或不威脅她權威的適度重組。 但是，隨着變法的推進，由於廢除八股文、裁減機關冗員和三個巡撫職位，以及大量的清除行政中的祖制和傳統程序等其它激進變革，太后警覺起來。她本能地把變法當成是一個從她手中奪取權力的密謀，而這正是康和改革派人士的企圖。現在，變法成了皇帝和皇太后之間的權力鬥爭。
而且，一直在兩人之間起緩衝作用的皇帝的母親、也是皇太后的妹妹在
1896年
6月去世以後，矛盾激化了。
1898年
6月，隨着一直試圖調和兩人的翁同龢被黜退，妥協的希望徹底破滅了。太后下定決心要教訓皇帝，而在這一點上，她受到了太監總管李蓮英的影響，這個人在內宮的腐敗行徑是進步人士所不能容忍的。
皇太后在榮祿的支援下，唆使一名御史，奏請皇太后和皇上于
10月份到天津閲兵，那時，榮祿及其軍隊將發動一場軍事政變來廢黜皇帝。
29皇帝發誓不去檢閲，而皇帝即將被廢黜的謡言遍佈北京。康建議皇帝在上海建立新都，剪掉辮子，改換服裝，採用新國號來標誌新的開始。改革派也制定了接近袁世凱的計劃。
袁世凱是榮祿的屬下，正在天津附近訓練一支七千人的新軍，以前同情過變法和強學會。
9月
14日，袁到達北京，兩天後他得到皇帝的召見，皇帝讚揚他在訓練軍隊上的成就和對新學校的贊助，預授他候補侍郎的頭銜，暗示他以後可以獨立於榮祿行事。
9月
18日，榮祿調動部隊到天津和北京，並命令袁返回天津。袁以他還在等着與皇帝的另一次會見來搪塞。改革派感到形勢的嚴峻，於是派譚嗣同當晚(
9月
18日)去見袁，催促他在即將到來的檢閲式上保護皇帝。譚勸袁說：(
1)包圍頤和園，(
2)殺死榮祿，而他自己(譚)負責派刺客去幹掉那個「老朽」(皇太后)。
