俄國造成了一種慷慨的印象，似乎俄國人在這動亂之際監管伊犁是對中國的一種友善行動。但是，俄國顯然認為，軟弱無能的清政府再也不能收復新疆了。為了使動亂持續下去，以便使他們能無限期地佔領伊犁，俄國人于
1872年和阿古柏簽訂了一項商約；一年後，英國人也起而效尤。兩國以承認阿古柏政權換得了一些商業特權。
中國人必須先將陝、甘兩省回民之亂平定以後，才能過問阿古柏的問題。
1866年，清廷特派閩浙總督左宗棠為陝甘總督，專事鎮壓那裡的叛亂者。可是在他掛帥之前又被調去平定捻亂，本書
第十章 中已有論述。直至
1868年捻亂平定以後，左宗棠才得以負起征剿回民叛亂的重任。
1873年，他以幹練的領導、巧妙的戰略和艱苦的戰鬥撲滅了這兩省的叛亂，共耗軍費
4,
000萬兩。隨後，左宗棠的得勝之師擺出進攻新疆的態勢。在這個節骨眼上，中國與日本之間的台灣危機突然爆發；中國在事變處理中暴露出來的軟弱，表明它亟需加強海防。這時中國面臨着一個非常艱難的問題：即它是否能夠在實施一項更大海軍計劃的同時，又進行一場代價高昂的新疆戰事。
隨後，就兩者中何者更緊要的問題展開了一場大爭論。
2.
2海防與塞防之爭經過了十年自強運動之後，恭親王和文祥首先對海防力量的不足感到驚慌。沿海的高級官員們提議建立一支擁有四十八艘艦隻的海軍，編為三個艦隊，分駐在中國的北、中、南部海岸。他們認為日本的威脅比俄國更為直接。這個集團的領袖人物李鴻章大膽地請求清廷取消新疆戰事，將它的費用轉移到海防上來。
他請求購買外國艦炮、訓練海軍官兵、通過一種新型的「洋務」考試招募人才、製造軍火，並增加鴉片進口關稅以幫助支付估計年需
1,
000萬兩的海軍開支。
海防派提出了五點論據：(
1)北京距海岸近，而新疆則離京師遠，因而邊防不如海防緊要；(
2)朝廷財政拮据，而新疆之役毫無勝算把握，這就不得不重新考慮此役是否可行；(
3)新疆土地貧瘠，于中國罕有實際價值，不值得花這樣高的代價去收復它；(
4)新疆的周圍都是強鄰，不能長期固守；(
5)緩期收復新疆並不是要放棄前代皇帝征戰所得的領土，只不過是保存實力，以待來日的明智之舉。
另一方面，其它許多官員雖對海防的重要性不表異議，但主張不應當用犧牲塞防的辦法來發展海軍。如果中國不能將新疆的叛亂者平定下去，俄國人就會繼續推進，西方列強也會受到鼓舞，從沿海進攻作為呼應。這些官員認為，俄國比日本或西方列強的威脅更大，因為俄國和中國有共同的邊界線
俄國既可由陸路，亦可由海路進入中國，而日本和西方國家卻只能由海上進入中國。他們將俄國的侵擾比作心腹之患，而西方國家的威脅只是肢體之病。
左宗棠說，西方列強為佔有海港、口岸而開仗，而且通常僅僅是為了商業上的特權，而俄國既想獲取商業讓步，也有領土要求。
塞防論者也向朝廷提出了五點論據：(
1)新疆是西北防務的第一綫，它守衛着屏障北京的蒙古，若新疆有失，蒙古將不可守，京師也受威脅；(
2)西方列強此刻尚未造成直接入侵的危險，而俄國人在新疆的推進已經成為直接的威脅；(
3)不應將塞防軍費轉用於海防，因為對海防已經撥了固定的軍費；(
4)列祖列宗百戰經營的土地不應放棄；(
5)像烏魯木齊和阿克蘇這樣的戰略要地應首先收復。該集團的領袖人物左宗棠警告說，如果現在中止新疆戰事，就是招致外人統治新疆。
4這兩個集團提出的論據都剴切中肯、言之成理。但是，此時沿海顯然還未有直接的糾紛，新疆卻發生了一場叛亂，有待鎮壓，同時伊犁為人所占，亦需收復。因此，清廷雖然沒有放棄創辦海軍的計劃，還是于
1875年
4月
23日任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。
左宗棠坐鎮甘肅蘭州，為準備這次戰役而彈精竭力。他的策略是「緩進速戰」。到
1876年初，他做好了出擊準備，並于
3月間將帥營移至南州。劉錦棠將軍在猛攻之下迅速進入新疆，到
11月便征服了北疆。
這時還固守在南疆的阿古柏對其前景惴惴不安，
1877年春末，他遣使前往倫敦以尋求英國的調停，並暗示他願意接受中國屬國的地位。但是，左宗棠軍隊的前進速度卻快于在倫敦進行的討論。阿古柏被徹底擊敗，于
1877年
5月
29日自殺而死。他的兒子們繼續作戰，但是，閲牆之爭使他們無法組織起有效的抵抗。
到
1877年底，除了伊犁仍為俄國人佔據外，整個新疆全部收復。
清帝國既然恢復了對新疆的統治，中國就具備了俄國允諾歸還伊犁的條件。但是，由於俄國駐北京公使
5採取拖延策略，推遲對這一問題的討論。其時正在國外建立使領館的總理衙門，便責成將派去俄國的外交官就歸還伊犁問題進行交涉。率領使團的崇厚，曾于
1870年赴法國致歉，此次他被授予一等欽差大臣銜，即大使之職，並獲授權便宜行事。
2.
3崇厚出使和《裡瓦幾亞條約》，
1879年崇厚(
1826-
1893年)是一個無能透底的滿洲貴族，他對於這次出使俄國全然沒有準備。當抵達聖彼得堡時，他對國際外交上的錯綜複雜形勢和伊犁的地理狀況一無所知，而這裡的俄國人的阿諛逢承顯然使他受寵若驚，戒備鬆弛。此外，他似乎急於了結此任回國。有人推測斷言他畏懼那些可怕的俄國人，並且迫不及待地想要料理緊迫的家務。
