為糾正這些意識形態的缺陷，孫中山倡導了洪秀全的前兩項「民主」和「民權」原則，而
第三項「民生」主義則包含了「平均地權」和「節 制資本」的思想，這部分是受太平天國土地制度和財產公有制的啟發，因此太平軍未能實現的社會革命，在孫中山及其信徒身上得到了部分推行。
不僅是在中國，就是在歐洲，太平天國革命也成為一個啟迪的泉源。對
1848年歐洲革命的失敗感到失望的卡爾．馬克思(Karl Marx)，在太平天國運動中找到了希望，並獲得了一種對農民革命之可能性的新見解。今天，中國的馬克思主義史學家讚揚太平天國為中國近代史上的第一場農民革命。
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11.捻軍叛亂和回民叛亂
儘管太平軍在
1864年被鎮壓，但另外幾場規模較小的叛亂仍肆虐于不同地區。爆發於
1853年並持續到
1868年的捻軍叛亂主要活躍在華北的南部地區。雲南的回民叛亂從
1855年延續到
1873年，而西北的東干人叛亂則涵蓋了從
1862年到
1878年的一段時期。這些曠日持久的叛亂，就其影響而言是極具摧毀性的；但它們沒有建立任何與北京朝廷抗衡的敵對政府，因此並不具備太平軍那樣的威脅性。
「捻」是山東、河南、江蘇和安徽等地秘密幫會的名稱，成員主要是一些流民、無賴和靠強行勒索及搶劫為生的匪幫，他們幾十人、有時幾百人結成一「捻」，其字面意思是「幫」。他們在嘉慶年間(
1796-
1820年)被取締。當
1853年太平軍定都南京之時，各不相屬的各捻幫起而響應。這些捻幫中勢力最大的領袖是張洛行，他的隊伍中加入進了一些北伐太平軍失敗後的餘部。
張洛行被天王封為沃王，他的部眾頭披長髮，且試圖模仿太平軍的軍制。捻軍和太平軍經常協同作戰，
1855年，協調不力、各自為戰的捻軍各部聯合起來，並組成了五個分支，各以顏色不同的旗幟識別：紅、黃、藍、白、黑一類似於清初的八旗舊制。
捻軍基本上是一種闖蕩四方的幫匪之集合體，他們的力量主要依賴于騎兵的快速運動，並採取避免與清軍作正面直接對陣的游擊戰術，而乘敵軍不備時發動出其不意的進攻。他們憑藉其來去如風的騎兵，迫使清軍陷入一種瞎忙一氣的境地。在經過多年無所成效的征剿之後，朝廷派蒙古族悍將僧格林沁親王前來對付他們，在
1863年成功地斬殺了起義領袖張洛行。但捻軍繼續戰鬥，而且事實上在l
864年以後還變得更為強大，其時太平軍餘部加入了它的事業。
當僧格林沁在
1865年陣亡後，朝廷請出曾國藩來負責征剿行動。
曾國藩征討了一年未見成效，受到御史們的尖鋭批評。曾國藩感覺到自己年邁不濟，也為其湘軍的鬥志頽靡而沮喪，於是他在
1867年初舉薦李鴻章接替他的職務。是年年底，李鴻章的淮軍成功地剿減了東捻軍，而西捻軍也遭受了左宗棠的重創，其時左宗棠已被委命為負責陝甘軍務的欽差大臣。
1868年
8月，鎮壓了捻軍。
雲南的回民叛亂在西方文獻中被稱作班塞叛亂(Panthay Rebellion)
所謂「班塞」，是緬甸語中稱呼回教徒的變音，這場起義從
1855年持續到
1873年。一般認為，雲南的回民是蒙元時期(
1280-
1368年)從西域(新疆)遷徙而來，占雲南人口中的不到
20%或
30%，但作為一個緊密團結的集團，他們顯得是一個強大的少數民族。由於宗教和生活方式的不同，他們受到漢人和滿人的鄙視，成為社會排斥和政治歧視的對象。他們受官吏壓迫及漢人侵犯權利的事件屢有發生，而當回民打官司時，他們經常打輸。
1855年，因為一些礦產(漢人和回民都宣稱擁有這些礦產)的爭執引發了一場公開的叛亂。叛亂首領杜文秀佔領了大理，並自稱為一個新回民王國的「總統兵馬大元帥」。雲南省官軍無力鎮壓，滿人總督自殺。到
1868年時，杜文秀據稱統領着
36萬人馬，佔據
53個城鎮。
一直到了
1872年，由新的雲南省當局統率官軍才得以將他遏制。杜文秀的兒子前往英國和土耳其尋求援助，但無結果。起義持續了十八個年頭，到
1873年
1月才告終，其時，失望沮喪的杜文秀殺死家人，自己服了毒藥，然後出降。
還有一場困擾清廷的叛亂。被稱為「東干人」的西北回民在陝西有六百萬人，在甘南有八百萬人。他們已經漢化，採納了漢族人的風俗、語言和服飾，但仍然受到社會和政治歧視。在他們中間，屬於「新教」
29的回民特別好鬥。
他們在寧夏的金積堡和甘肅的張家川設立總寨堡，與老教的河州總寨抗衡。對社會和政治之不公正的不滿，因兩個教派相互間的衝突而加重，這導致了新教在
1781年和
1783年發動叛亂，但兩次都遭官府殘酷鎮壓了。
1862年，當太平軍進襲陝西之時，回民在一些參加過雲南起義的領袖率領下，再次起而嚮應。一個狂熱的領袖是馬化龍，他是新教創始人的直系後裔。忙於鎮壓太平天國的清廷派不出能幹的將領或軍隊來對付東干人。到
1864年，整個西北烽火連天，甘肅、陝西、寧夏和新疆落入了叛亂者之手。
當
1866年捻軍西路軍突入陝西與回民會師時，威脅加強了。充滿憂慮的朝廷委任左宗棠為陝甘總督，肩負南清兩省叛匪的特殊使命。如前所述，其時左宗棠正在征剿捻軍，無法立即到任。直到
1868年
8月鎮壓了捻軍之後，他才得以將注意力轉向陝甘回民問題。
隨後經過了五年的艱苦征討，到
1873年，終於敉平了這兩省的回民叛亂。
