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玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：「朕其敗乎？」吏部郎曹靖之對曰：「民怨神怒，臣實懼焉。」玄曰：「民或可怨，神何為怒？」對曰：「晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。」玄曰：「卿何不諫？」對曰：「輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！」玄默然。使桓謙及游擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞范之屯覆舟山西，眾合二萬。
己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，佈滿山谷。玄偵候者還，雲「裕軍四塞，不知多少。」玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥志。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慓天，鼓噪之音震動京邑，謙等諸軍大潰。
玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟于石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昇，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡籓，執馬鞚諫曰：「今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！」玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昇抱其胸而撫之，玄悲不自勝。
裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕于馬上抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鐘據東府。庚申，裕屯石頭城，立留台百官，焚桓溫神主于宣陽門外，造晉新主，納于太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：「卿得無慾此乎？」熹正色曰：「皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖復不肖，實無情於樂。」裕笑曰：「聊以戲卿耳。」熹，燾之弟也。
壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委于劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂托以腹心，動止咨焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬馳，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛。桓玄雖欲厘整，而科條繁密，眾莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身范物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣歷陽。逵棄城走，為其下所執，斬于石頭，子侄無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮歷陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：「卿當為一代英雄。」裕嘗與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左仆射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅，綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄于道自作《起居注》，敘討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與群下議時事。《起居注》既成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承製總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥，謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之慾邀軌同謀，敬宣曰：「劉公衰老，有安齊之志，不可告也。」雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
