戶部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，員外郎九人，浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、福建、山西、陝西、雲南九司各一人，嘉靖三十七年，革山西、陝西三司員外郎各一人，隆慶中又革廣西、雲南二司員外郎各一人。主事十七人，山西、廣東、廣西、雲南四司各二人，隆慶三年革廣東司主事一人。所轄，寶鈔提舉司，提舉一人。廣積庫、承運庫、臓罰庫、甲乙丙丁戊五字型檔、寶鈔廣惠庫、軍儲倉，各大使一人。長安門倉、東安門倉、西安門倉、北安門倉各副使一人。龍江鹽倉檢校批驗所，大使一人。隆慶三年，革寶鈔司提舉、軍儲倉大使。
總督糧儲一人。嘉靖以前，特設都御史。二十六年革，以戶部右侍郎加都御史銜領之。
禮部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人。儀制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。儀制、祠祭二司，各主事一人。所轄，鑄印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司樂各一人。
兵部。尚書參贊機務一人，右侍郎一人，司務一人。武選、職方、車駕、武庫四司，郎中四人，員外郎二人，武選、武庫無員外郎。主事五人。車駕主事二人。所轄，典牧所，提領一人。正八品會同館、大勝關，各大使一人。按參贊機務，自宣德八年黃福始。成化二十三年，始奉敕諭，專以本部尚書參贊機務，同內外守備官操練軍馬，撫卹人民，禁戢盜賊，振舉庶務，故其職視五部為特重雲。
刑部。尚書一人，右侍郎一人，司務、照磨各一人。十三司郎中十三人，員外郎五人，惟浙江、江西、河南、陝西、廣東五司設。主事十四人，廣東司二人。分掌南京諸司，及公、侯、伯、五府、京衛所刑名之事。司獄二人。
工部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人。營繕、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，員外郎二人，營繕司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水員外郎。主事八人。營繕司三人，屯田司一人，餘各二人。所轄，營繕所，所正、所副、所丞各一人。龍江、清江二提舉司，各提舉一人。副提舉後革。文思院、寶源局、軍器局、織染所、龍江抽分竹木局、瓦屑壩抽分竹木局，各大使一人。嘉靖三十七年，革文思院大使。
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右僉都御史一人，司務、經歷、都事、照磨各一人，司獄二人。嘉靖三十七年，革司獄一人。隆慶四年，革都事。浙江、江西、河南、山東、山西、陝西、四川、雲南、貴州九道，各御史二人。福建、湖廣、廣東、廣西四道，各御史三人。嘉靖後不全設，恆以一人兼數道。凡刷卷、巡倉、巡江、巡城、屯田、印馬、巡視糧儲、監收糧斛、點閘軍士、管理京營、比驗軍器，皆敘而差之。清軍，則偕兵部、兵科。核後湖黃冊，則偕戶部、戶科。
提督操江一人。以副僉都御史為之，領上、下江防之事。
通政使司。通政使一人，右通政一人，右參議一人，掌收呈狀，付刑部審理。經歷一人。
大理寺。卿一人，右寺丞一人，司務一人，左、右寺正各一人，左、右評事各三人。隆慶三年，革左、右評事各一人。
詹事府。主簿一人。
翰林院。學士一人，不常置，以翰林坊局官署職。孔目一人。
國子監。祭酒一人，司業一人，監丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，學正五人，學錄二人，典籍一人，學饌一人。嘉靖三十七年，革助教二人及掌饌。隆慶四年，革博士一人，學正一人。
太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，協律郎二人，贊禮郎七人，嘉靖中，革贊禮郎一人。司樂二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。天、地壇奉祀一、祀丞一。山川壇、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、揚王墳、徐王墳各奉祀一，祀丞一。嘉靖後，革天地壇、祖陵、揚王墳三祠祭署祀丞。
光祿寺。卿一人，少卿一人，隆慶四年，革少卿。典簿一人。大官、珍羞、良醖、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。嘉靖中，革良醖、掌醢二署署丞。萬曆中，革珍羞署丞。
太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，隆慶中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。
鴻臚寺。卿一人，主簿一人。司儀、司賓二署，各署丞一人，鳴贊四人，序班九人。
尚寶司。卿一人。
吏、戶、禮、兵、刑、工六科。給事中六人。又戶科給事中一人，管理後湖黃冊。
行人司。左司副一人。
欽天監。監正一人，監副一人，主簿一人。五官正一人，五官靈台郎二人，五官監候一人，五官司歷一人。
太醫院。院判一人，吏目一人。惠民藥局、生藥庫，各大使一人。
五城兵馬司。指揮各一人，副指揮各三人，吏目各一人。萬曆中，革副指揮每城二人。
應天府。府尹一人，府丞一人，治中一人，通判二人，推官一人，經歷、知事、照磨、檢校各一人。儒學教授一人，訓導六人。所轄，上元、江寧二縣，各知縣一人，縣丞一人，主簿一人，典史一人。司獄司，司獄一人。織染局，大使一人，左、右副使各一人。都稅司、宣課司，凡四，龍江、江東、聚寶門、太平門。稅課局，凡二，龍江、龍潭。各大使一人，副使或一人或二人。龍江遞運所，大使、副使各一人。批驗所，大使一人。河泊所，官一人。龍江關、石灰山關，各大使一人，副使四人。洪武三年，改應天府知府為府尹，秩正三品，賜銀印。十三年，始立儒學。
南京官，自永樂四年成祖往北京，置行部尚書，備行在九卿印以從。是時，皇太子監國，大小庶務悉以委之。惟封爵、大闢、除拜三品以上文武職，則六科都給事中以聞，政本故在南也。十八年，官屬悉移而北，南京六部所存惟禮、刑、工三部，各一侍郎，在南之官加「南京」字于職銜上。仁宗時補設官屬，除「南京」字。正統六年，定製復如永樂時。
王府長史司。左、右長史各一人。正五品其屬，典簿一人，正九品所轄，審理所，審理正一人，正六品副一人，正七品典膳所，典膳正一人，正八品副一人，從八品奉祠所，奉祠正一人，正八品副一人，從八品典樂一人，正九品典寶所，典寶正一人，正八品副一人，從八品紀善所，紀善二人，正八品良醫所，良醫正一人，正八品副一人，從八品典儀所，典儀正一人，正九品副一人，從九品工正所，工正一人，正八品副一人，從八品。以上各所副官，嘉靖四十四年並革。伴讀四人，從九品，後止設一人。教授無定員，從九品引禮舍二人，後革二人。倉大使、副使各一人，庫大使、副使各一人。倉、庫副使後俱革。郡王府，教授一人，從九品典膳一人。正八品鎮國將軍教授一人。從九品
