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時清廷自攻陷杭州之後，論功行賞，加左宗棠以欽差字樣；鮑超則賞穿黃馬褂；而以王有齡為浙江巡撫。原來有齡本貫福建人氏，為人毅勇機警，平日治兵有法，且與士卒同甘苦，故軍士皆樂為用。帶兵數萬，所向有功，至是以功授浙江巡撫。自授任後，修繕城垣，訓練軍馬，並謂諸將道：「杭州與金陵相隔八百餘裡，然蘇、浙密邇，杭州又為浙中要地，敵所必爭。且敵將李秀成方回金陵，料來爭杭州者，必此人也。此人若來，誠為勁敵。諸君宜枕戈待旦，以圖功名。」於是諸將聞言，皆奮勇自勵。
王有齡復迎家眷于城中。人問其故？王有齡道：「家眷隨軍，本不是正當辦法。但某以死自誓，即舉家殉難，亦所不惜。倘有不幸，吾全家將以此為死所也。」各人皆為嘆息。
且說李秀成引大軍前赴杭州，王有齡聽得秀成軍勢浩大，時清國一軍因英王陳玉成，縱橫皖、鄂兩省，先後李續賓、李續宜、及總兵李續燾、藩司李孟群等軍，皆為玉成所挫，故胡林翼特調鮑超回軍鄂省。左宗棠一軍，亦向安徽與堵王黃文金相持。因此鮑、左二軍，已不能授接。王有齡乃派員六百里加緊赴江西，請曾國藩調兵相助。
曾國藩乃調知府張運蘭，及提督張玉良、況文榜，各領本部，往救杭州；又令幕友李元度，帶兵五千同往。那李元度久居曾國藩幕府，策畫軍務，號為能員，故此曾國藩抬舉他，為獨當一面。於是各路星馳赴浙。
那巡撫王有齡，便與將軍瑞昌決定：議以瑞昌鎮守內城；自己鎮守外城。卻令浙江提督饒廷選、總兵文瑞、副將繼興出城屯紮。待張運蘭、張玉良、況文榜、李元度等軍到時，即會同拒戰，王有齡又于中策應。並以鹽運使莊文煥、道員錫庚應付各路糧草。
時藩司林福祥，方調任他省，尚未離省；而新任藩司麟趾已到，惟尚未接印。故王有齡一併令林福祥領兵出城助戰；而新藩司麟趾及臬司米興朝，則在城外助守。王有齡亦不時領兵出城，籌策軍事，佈置既定。
那時李秀成大軍直趨杭州，一路沿溧水而下，已抵長興。打聽得浙撫王有齡，已徵集授兵，乃謂諸將道：「杭州人馬不少！吾欲勝者，只在各將官能征慣戰耳。彼敵人各部進兵，惟張玉良、張運蘭，久經戰陣，彼若至杭，互為戰守，吾軍亦多一勁敵也。今張運蘭由蕪湖赴浙，不如中途截之，以了此一軍，則吾之攻浙較易。」乃令陳其芒領六千人，赴寧國縣截擊張運蘭。並囑道：「吾當故緩行程，以候捷音。以將軍虎威，約一二日間可以了事矣！」陳其芒去後，果然張運蘭並不防及，為李秀成人馬所截，竟敗於陳其芒之手，折兵三千人，乃不敢赴杭州，自還祁門去。李秀成遂直抵浙江，知王有齡大兵聚于杭州，各附近皆以少數人馬把守，秀成乃謂諸將道：「吾此次攻杭，動需時日，今當先取附近州縣，以孤杭州之勢。」乃分途遣兵，奪取各州縣：遂將湖州、桐鄉、石門、德清、武康、安吉等州縣，次第收復，徐悉鋭直攻杭州。又以杭州救兵環集，乃令分軍一半，圍攻杭州四門，如攻六合之法，斷絶杭州交通；另分軍一半，攻擊赴杭救兵。故清兵各路赴杭援救的，皆不能進城，又不敢與李秀成明戰，因懼一經戰敗，杭州更為震動。故張玉良，況文榜只與李秀成人馬堅壁相持。
惟李元度率軍進攻，以為既敗秀成，杭州之圍自解。
那秀成聽得，卻笑道：「吾聞李元度，字次青，在曾國藩幕裡，倚為能員。今觀之，乃庸材耳！焉有大兵臨城，守禦不暇，而可以少數人馬，彰明進戰者乎？」乃令賴文鴻、陳其芒，先以本軍接戰：以一軍偽為敗北，以一軍設伏以破之。賴、陳兩將去後，果然陳其芒先以本軍接戰，交綏後，即引本軍望山林而逃，李元度捨命追之。忽到林木深處，賴文鴻引兵突出，陳其芒亦引兵殺回。
李元度大敗，所有本部人馬，折去十之七八，乃走回江西。自李元度敗後，杭州只存張玉良、況文榜兩路援兵。秀成卻令賴漢英、陳宗勝迭次攻擊，計小戰數次，張、況二軍，皆有損失。張玉良乃謂況文榜道：「吾軍在此，必非秀成之敵。以彼人馬既眾，戰將復多也！但杭城已被圍二十餘日，水洩不通，深恐城內糧草漸盡矣！吾軍隨帶輜重甚伙，本以接濟杭城，今若不能通進省城，徒頓兵于此，不特不能久持，且城內將以無糧自斃矣。不如設法輸運糧草于城中，以鎮人心為是。」況文榜道：「戰且不勝，焉能通運道于城內乎！」張玉良道：「吾得一計：以人馬依舊守營，卻分軍由城濠運送糧草以入城可也。」於是張玉良一面出戰，一面打聽運糧。
時杭州城外守兵，已屢為秀成所敗，清兵死傷山積。秀成乃以大兵重扎鳳山門外，正防杭州有糧草接濟；復分派小隊，四周偵緝。那張玉良卻準備小杉板快艇，乘候聽門潮水漲時，從水道輸進去。那秀成先得張玉良準備快劃小艇消息，乃笑道：「此準備運糧也！可見城中糧食將盡矣。今查杭州通進城內之水道，皆以淤淺，惟候聽門可容船艇往來耳。」乃令賴文鴻、陳其芒夾攻張玉良，況文榜二軍。並令賴汶洸專截張玉良的糧草。故張玉良甫將糧草安置艇中，正欲駛進時，賴汶洸一軍掩至，早已先攻其運糧兵。
