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請告三年，授太常博士。武宗欲南巡，先生與舒芬、夏良勝、萬潮連疏諫止，午門荷校五日，杖五十，除名。世宗即位，起原官。進禮部員外郎、郎中，以主客裁革妄費，群小恨之。
張桂與鉛山有隙，誣先生以貢玉餽宏，使通事胡士紳訟之，下詔獄榜掠，謫鎮海衛。已遇恩詔復官。致仕。周流講學名山，如台宕、羅浮、九華、匡廬，無不至也。
晚而失聽，書札論學不休。一時講學諸公，謂明水辯駁甚嚴，令人無躲避處。嘉靖四十一年八月卒，年六十九。
先生自請告入虔師陽明，即自焚其着書。後凡再見，竟所未聞。陽明歿，往拜其墓，復經理其家。先生自敘謂：「自服先師致知之訓，中間凡三起意見，三易工夫，而莫得其宗。
始從念慮上長善消惡，以視求之於事物者要矣。久之自謂瀹注支流，輪迴善惡，復從無善無惡處認取本性，以為不落念慮直悟本體矣。既已復覺其空倚見悟，未化渣滓，復就中？致廓清之功，使善惡俱化，無一毫將迎意必之翳，若見全體，炯然炳於幾先，千思百慮，皆從此出。即意無不誠，發無不中，纔是無善無惡實功。
從大本上致知，乃是知幾之學。自謂此是聖門絶四正派，應悟入先師致知宗旨矣。乃後入越，就正龍溪，始覺見悟成象，怳然自失。歸而求之，畢見差謬，卻將誠意看作效驗，與格物分作兩截，反若欲誠其意者，在先正其心，與師訓聖經矛盾倒亂，應酬知解，兩不湊泊，始自愧心汗背，盡掃平日一種精思妙解之見，從獨知幾微處謹緝熙，工夫纔得實落於應感處。
若得個真幾，即遷善改過，俱入精微，方見得良知體物而不可遺，格物是致知之實，日用之間都是此體，充塞貫通，無有間礙。致字工夫，盡無窮盡，即無善無惡非虛也，遷善改過非粗也。始信致知二字，即此立本，即此達用，即此川流，即此敦化，即此成務，即此入神，更無本末精粗內外先後之間。證之古本序中，句句吻合，而今而後，庶幾可以弗畔矣。」
按陽明以致良知為宗旨，門人漸失其傳，總以未發之中，認作已發之和，故工夫只在致知上，甚之而輕浮淺露，待其善惡之形而為克治之事，已不勝其艱難雜糅矣。故雙江、念菴以歸寂救之，自是延平一路上人。先生則合寂感為一，寂在感中，即感之本體，感在寂中，即寂之妙用。陽明所謂「未發時驚天動地，已發時寂天寞地」，其義一也，故其謂雙江曰：「吾丈胸次廣大，蕩蕩淵淵，十年之前，卻為蟄龍屈蠖二蟲中作祟，欠欲竊效砭箴，愧非國手，今賴吾丈精采仙方，密煉丹餌，將使凡胎盡化，二蟲不知所之矣。」是先生與偏力於致知者大相逕庭。顧念菴銘其墓猶云：「良知即未發之中，無分於動靜者也。」指感應於酬酢之跡，而不於未發之中，恐於致良知微有未盡。是未契先生宗旨也。
明水論學書
古之學者為己，天下事盡矣。堯、舜之治天下，亦盡其性充其君道而已，何嘗有人己先後於其間哉！後儒不知性情之學，有始有為國為民，不為身謀以為公者。此賢豪之士，所以自別於流俗。而其運動設施，不合於中道，不可語天德王道也。
（《與聶雙江》）
便安氣習，往往認作自然，要識勉強，亦是天命。用功修治，莫非勉強人力，然皆天命自然合如此者。
近年體驗此學，始得真機，腳跟下方是實地，步有不容自己者。從前見悟轉換，自謂超脫，而於此真體，若存若亡，則知凡倚知解者，其擔閣支吾虛度不少矣。（以上《與董兆明》）
日用應酬，信手從心，未嘗加意。間亦有稍經思慮區畫者，自以為良知變化原合如此，然皆不免祗悔。及反觀之，信有未盡未當處，豈所謂認得良知不真耶？
夫逐事省克，而不灼見本體流行之自然，則雖飭身勵行，不足以言天德固矣。然遂以窒慾懲忿為下乘，遷善改過為妄萌，使初學之士，驟窺影響者，皆欲言下了當，自立無過之境，乃徒安其偏質，便其故習，而自以為率性從心，卻使良知之精微緊切，知是知非所藉以明而誠之者，反蔑視不足輕重，而遂非長過，蕩然忘返，其流弊豈但如舊時支離之習哉！
本體至善，不敢以善念為善也。若以善念為善，則惡念起時，善固滅矣，惡在其為至善天命不已者耶！
戒懼兢惕工夫，即是天機不息之誠，非因此為入道復性之功也。
不當以知覺為良知固矣，然乃良知之發用，不容有二。先師云：「除卻見聞，無知可致。」況知覺乎？故知覺廢則良知或几乎息矣。近諸公只說本體自然流行，不容人力，似若超悟真性，恐實未見性也。
緣私意一萌，即本體已蔽蝕阻滯，無複流行光照之本然也。故必決去之，而後其流行照臨之體，得以充達。此良知所以必致，而後德明身修也。
心齋晚年所言，多欲自出機軸，殊失先師宗旨。豈亦微有門戶在耶？慨惟先失患難困衡之餘，磨礱此志，直得千聖之祕，發明良知之學，而流傳未遠。諸賢各以意見攙和其間，精一之義無由睹矣。
先師所以悟入聖域，實得於《大學》之書，而有功於天下後世，在於古本之復，雖直揭良知之宗，而指其實下手處，在於格物，古本《序》中及《傳習錄》所載詳矣。豈有入門下手處，猶略而未言，直待心齋言之耶？惟其已有成訓，以物知意身心為一事，格致誠正修為一工，故作聖者有實地可據。而又別立說以為教，苟非門戶之私，則亦未免意見之殊耳。
